对於运行中的洁净室，末端高效过滤器的价值并不高，全部加起来可能还不到用户两个小时的產值，但更换过滤器的风险和间接费用会很高。
更换高效过滤器时要停產，停產损失隻有业主自己能算出来，这笔损失肯定比过滤器的备件费用高。更换过滤器是十分仔细的操作，洁净室内的任何东西都经不起折腾，碰坏一个不起眼的设备，其损失可能会高於全部过滤器的费用。更换过滤器后要由专业人员进行检测，有时还要对空调系统进行调试，然后还要经过一段时间的试运行。检测、调试、试运行，三项费用加到一起，可能会与过滤器价格不相上下。聪明的业主总是希望尽可能地延长高效过滤器的使用寿命，不是為了省过滤器那几个钱，他们是想避免因更换过滤器而產生的一堆麻烦。
举个极端的例子，当代芯片厂洁净室末端高效过滤器的设计使用寿命為“一辈子”，即：投入运行后永远不操高效过滤器的芯。那种工厂的技术日新月异，一个新项目投產后5～7年就落后了，工艺必须更新，厂房要改造，高效过滤器也同时报废。在那里，高效过滤器的“一辈子”也就是7年，為了保险，设计师将过滤器的设计使用寿命定為10～20年。
高效过滤器上积灰过多时阻力增大，大到影响正常送风时，高效过滤器就该报废。增大高效过滤器的过滤麵积或增加过滤器的数量，都能延长过滤器的使用寿命。但那些做法的游戏空间不大，你不可能无限地增大过滤麵积，
要延长高效过滤器的使用寿命，最根本的办法是将灰尘挡在预过滤器。更换预过滤器一般无须停產，无须调试，所以有经验的业主会把注意力和金钱花在预过滤器上。
对於10000级和100000级洁净厂房，预过滤可选用F8过滤器（比色法95%），这样，末端高效过滤器的使用寿命一般可达5年。在国外项目中和国内新建项目中，F8过滤器是非均匀流洁净室最常见的预过滤器。
对於芯片厂100级、10级或更高级别的洁净厂房，预过滤器的常见效率级别為H10（MPPS85%），许多新建项目索性选用HEPA（对0.3mm粒子的效率≥99.97%）。设计师号称保证末端高效过滤器使用“一辈子”，其方法不过如此。
在国内过去的洁净室空调系统设计中，过滤器的常见配置為：粗效→中效→高效。那时末端高效过滤器的使用寿命仅為1～3年，最差的也就几个月。
有些场合，对高效过滤器使用寿命的规定不是出於对阻力的考虑，而是其它因素。若厂房中有氢氟酸，而车间空调又不是全新风系统，高效过滤器中的玻璃纤维滤纸会受到回风的腐蚀，為了安全，必须定期更换高效过滤器。有些财大气粗的製药厂，每年雨季过后要更换高效过滤器，為的是防止过滤器上任何可能的霉菌污染。有些生物实验室和与危险品打交道的实验室，在开展一项新的重要课题前，為了可靠，上司会要求使用新的高效过滤器。